Доказательства in vitro для экзогенной природы ВИЧ-генома

↑

▷ Содержание

⇐ ПредыдущаяСтр 16 из 20Следующая ⇒

Поэтому мы повторяем нашу просьбу: не мог бы Брайан Фоли дать нам резюме доказательств (а не только название) исследования, а также доказательств из нескольких подтверждающих исследований, где было доказано существование «инфекционного молекулярного клона» (как определено Брайаном Фоли) «ВИЧ-1».

Если Брайан Фоли не сможет ответить своими резюме и ссылками, то мы должны заключить, что весь его аргумент о существовании «ВИЧ-1», основанный на существовании «инфекционного молекулярного ВИЧ-1-клона», рушится.

Вместо того, чтобы дать нам доказательства, которые мы просили, согласно его собственным критериям, Брайан Фоли, Саймон Уэйн-Хобсон (Simon Wain-Hobson) и Джон Мур (John Moore) оказали давление на Ричарда Смита (Richard Smith), редактора British Medical Journal, чтобы остановить дебаты. Необъяснимо, но давление пришло не через British Medical Journal, а через Nature.⁹³ Ответ Смита включал: «Как редактор BMJ, однако я нахожу тревожным видеть учёных, спорящих об ограничении свободы слова. Безусловно, открытое общение и аргументация - фундаментальная ценность науки…Мы никогда не должны забывать Галилея, поставленного перед инквизицией. Было бы ещё хуже, если бы мы позволили научной ортодоксальности стать инквизицией»¹⁹⁸. Вскоре после отставки Ричарда Смита в качестве главного редактора, редактор отдела писем BMJ Шэрон Дэвис (Sharon Davies),¹⁹⁹ прекратил дебаты. Своим вкладом в прекращение дебатов Фоли, Уэйн-Хобсон и Мур проигнорировали совет отца современной ретровирусологии, нобелевского лауреата покойного Говарда Темина (Howard Temin): «Когда эксперимент оспаривается независимо от того, кто его оспаривает, вы должны проверить его. Это железное правило науки, когда вы публикуете что-то, за что вы отвечаете за это ... даже самый старший профессор ... если его оспаривает самый низкий специалист или аспирант, он должен относиться к ним всерьёз и рассматривать их мнения ... Это один из самых фундаментальных аспектов науки»²⁰⁰ (выделено в оригинале). В 2010 году BMJ опубликовал статью, авторы которой включают преемника Смита Фиона Годли (Fiona Godlee). По иронии судьбы документ заключил: «Авторы не хотят отвечать на критику своей работы ... Редакторы должны обеспечить, чтобы авторы серьёзно относились к соответствующей критике и адекватно реагировали на нее».²⁰¹

1. Так как нуклеиновые кислоты, присутствующие в том же супернатанте, были использованы для получения зондов (сДНК и его клонов) и для инфицирования H9 и других клеток, можно было бы ожидать положительной гибридизации с «инфицированными» клетками независимо от происхождения нуклеиновых кислот, вирусных или невирусных.

2. Галло и его коллеги утверждают, что клетки были инфицированы супернатантом, «содержащим 4X10¹¹ частиц HTLV-III». Не упоминается об объёме и, что более важно, о том, как они определили наличие «частиц 4X10¹¹» или даже любых частиц. Учитывая, что только за несколько месяцев до того, как электронный микроскопист Галло Мэтью Гонда (Mathew Gonda) столкнулся с проблемой обнаружения частиц в супернатанте инфицированных клеток, отсутствие электронных микроскопических данных является ключевым.¹⁵⁶

Факты:

1. У Галло никогда не было доказательств того, что «РНК HTLV-III» и, таким образом, сДНК и её клоны возникли в частицах с морфологией ретровирусных частиц, намного менее заразных ретровирусных частиц.

2. Поли(А) РНК не специфична для ретровирусов.

3. Полоса 1,16 г/мл, полученная центрифугированием градиента плотности неинфицированных супернатантов клеточной культуры, содержит поли(А) РНК, как показано Бессом и его коллегами.¹⁶²

4. Как уже упоминалось, независимо от её происхождения любая РНК или ДНК, присутствующие в супернатанте, могут быть взяты клетками и транскрибированы обратно.^183-185  Если ретровирусная ДНК может быть включена в клеточную ДНК, то нет никаких причин, по которым клеточная ДНК отсутствует, причина, почему то же самое не должно происходить ни с одной другой ДНК.¹⁰⁰

5.  Обратная транскрипция не специфична для ретровируса.

6. В настоящее время принято считать, что в любой момент, когда можно найти новую ДНК в клетке, например, в Т-лимфоците, интерпретация заключается в том, что ДНК была введена извне. Однако, по словам Барбары МакКлинток (Barbara McClintock), геном может быть реструктурирован, и не только транспозицией (удаление и перенос ДНК-последовательности в другое место в геноме). В своей Нобелевской лекции 1983 года она сказала: «Быстрая реорганизация геномов может подчеркнуть некоторые виды образования. Наши нынешние знания предполагают, что эти реорганизации происходят от некоторого «шока», который заставлял геном реструктурировать сам себя, чтобы преодолеть угрозу его выживания ... Большая геномная реструктуризация, безусловно, сопровождалась образованием новых видов».

«Геномный шок», который приводит к возникновению новых видов, может быть «вызван либо случайностями, происходящими внутри самой клетки,либо навязанными извне, такими как вирусные инфекции, разновидности скрещивания, яды различных видов или даже измененная среда, такая, как навязанная тканевой культурой»²⁰²(выделено нами).

7. Доказательства, опубликованные с тех пор теми, кто находится в авангарде генетических исследований, подтверждают взгляды Макклинток. Это особенно относится к доказательствам, опубликованным учёными, участвующими в проекте генома человека, который был предпринят для составления карт генов человека и введения генетически основанной персонализированной медицины; в частности доказательства, собранные 300 учёными из 10 стран, участвующими в проекте «Энциклопедия ДНК-элементов» (ENCODE).^{203, 204} Целью ENCODE является «идентификация всех областей транскрипции, ассоциации факторов транскрипции, структуры хроматина и модификации гистонов в последовательности генома человека».²⁰³ По мнению исследователей ENCODE, невозможно сказать, где начинается и заканчивается транскрипция ДНК, то есть невозможно сказать, что такое ген.²⁰⁵ «Картина этих красок исследования - одна из невероятных сложностей. Вместо дискретных генов, добровольно продуцирующих идентичные транскрипты РНК, изобилующая масса транскрипции преобразует многие сегменты генома в несколько РНК-лент различной длины. Эти ленты могут быть получены из обеих нитей ДНК, а не из одной, как это принято считать ... Мы пришли к осознанию того, что геном заполнен перекрывающимися транскриптами ... простой взгляд на геном как имеющий определенный набор изолированных локусов, транскрибируемых независимо, не кажутся точными. Белки-кодирующие последовательности не имеют четкого начала или конца».²⁰⁶ Фактически, как отмечает Денис Нобл (Denis Noble), «некоторые учёные биологи даже отказались от использования слова «ген», за исключением кавычек» .²⁰⁷ Более тридцати лет назад один из нас (ЭПЕ) предположил, что биологическая догма ошибочна и существует обратная связь между тремя полимерами, ДНК, РНК и белками, регулируемыми клеточной окислительно-восстановительной способностью и её колебаниями, в частности редокс пара миозин/актин.²⁰⁸

8. В настоящее время считается, что в любой момент, когда обнаруживается конкретная последовательность РНК в клетке, например Т-лимфоцит, если только РНК не вводится снаружи, все клетки, независимо от их физиологического состояния или стрессов, будут содержать соответствующий участок ДНК. Другими словами, ДНК (гены) в клетке является инвариантной, и все молекулы РНК в клетке сопровождаются соответствующей длиной ДНК. Это не тот случай. В 1980-х годах было обнаружено редактирование РНК. Это «широко определяется как процесс, который изменяет нуклеотидные последовательности молекулы РНК по сравнению с матрицей ДНК, кодирующей её». В этом случае нефункциональный транскрипт может быть перенастроен, продуцируя трансляционную mРНК или модифицировать уже функционирующую mРНК, чтобы она генерировала белок измененных аминокислотных последовательностей. Иногда редактирование настолько обширно, что большинство последовательностей в mРНК не кодируются геномным путем, а генерируются после транскрипции, создавая «парадоксальную ситуацию транскрипта, которая не обладает достаточной комплементарностью для гибридизации с её собственным геном!».^209-211 Недавно опубликованные данные свидетельствуют о том, что редактирование РНК играет значительную роль во многих клеточных и биологических явлениях и может быть вызвано химическим стрессом.^212-215

9. Никто иной, как Монтанье, соглашается с тем, что новые РНК могут возникнуть без участия экзогенных инфекционных агентов. В письменном свидетельстве от 2 февраля 2000 года в Комитет Палаты представителей США по правительственной реформе, подкомитет по национальной безопасности, делам ветеранов и международным отношениям в поддержку работы его коллеги Говарда Урновица (Howard B Urnovitz) (Монтанье входит в научно-консультативный совет публично торгуемой биомедицинской компании, директором которой является Урновиц), Монтанье писал: «Я рассмотрел опубликованные исследования доктора Урновица и показания, подготовленные для представления этому комитету, и настоятельно рекомендую, чтобы в будущих исследованиях по синдрому войны в Персидском заливе должно быть включено исследование обнаруженного генетического материала». Урновиц и его коллеги представили доказательства существования у ветеранов войны в Персидском заливе «новых», «невирусных» РНК, «возможно, вызванных воздействием экологических генотоксинов». Они пришли к выводу, что «закономерности появления RPA [полирибонуклеотидов] в сыворотках GWVs [ветеранов войны в Персидском заливе] и здорового контроля достаточно различны, чтобы предлагать возможные будущие диагностические применения ... Наши исследования пациентов с активной множественной миеломой свидетельствуют о том, что у пациентов с индивидуальными хроническими многофакторными заболеваниями могут быть уникальные полирибонуклеотиды в их сыворотках. Проверенные тесты для таких предполагаемых суррогатных маркеров могут помочь в диагностике таких заболеваний или в оценке ответов на терапевтические методы».²¹⁶

10. Галло получил свою поли(А) РНК (ВИЧ-геном) из клеток, которые хранятся в культуре в течение длительного времени и подвергаются воздействию сильных окислителей («шоков»), включая PHA (фитогемагглютинин, ФГА). Он является окислителем, повсеместным в исследованиях в области ВИЧ и вызывает «как [резкое возрастание] уровня синтеза белков РНК, так и появление новой mРНК (поли(А) РНК).^{217, 218} Неудивительно, что в этих культурах предполагается найти «новые» mРНК («ВИЧ РНК»), которые не могут быть обнаружены в культурах, не подверженных аналогичному «стрессу». Поскольку зонды ПЦР-гибридизации исходят из этих культур, и поскольку пациенты со СПИДом и те, кто подвергается риску, подвергаются аналогичному окислительному стрессу, можно было бы предсказать, что у этих пациентов будет положительный тест ПЦР («вирусная нагрузка»²⁶), который ВИЧ-эксперты приписывают «ВИЧ-инфекции». Поскольку АРВ-препараты также являются окислителями^{65, 219-221}, то можно ожидать, что они будут вызывать дальнейшее редактирование РНК и модификации гистонов и хроматинов. Учитывая, что ПЦР-зонды исходят из культур, которые не подвергались дополнительному «стрессу» от АРВ-препаратов, можно было бы ожидать продуцирование РНК, которые не дополняют праймеры, применяемые на стадии амплификации в анализе «ВИЧ» РНК. Таким образом, «вирусная нагрузка» будет уменьшаться или даже стать не поддающейся обнаружению при лечении пациентов антиретровирусными препаратами.²²²

 11. Будь «шок» Макклинток вызывающим «быструю реорганизацию геномов» или «многих сегментов» транскрипции ДНК или редактирование РНК, или комбинацией, включающей все эти три, всё равно открытие нового транскрипта РНК не доказывает существования непрерывной, комплементарной ДНК-последовательности в ядерной ДНК; или то, что РНК была введена в клетку извне.

Фактически, одна вещь, в которой были уверены авторы ENCODE, заключалась в том, что «Доступность хроматина и образцов (паттернов) модификации гистонов очень прогностичны, как при наличии и активности сайтов начала транскрипции, так и при времени репликации ДНК, коррелирующего со структурой хроматина». Поскольку регуляция гистонов и структура хроматина зависят от окислительно-восстановительного потенциала (редокса),^208,223,224 а ВИЧ-положительные и больные СПИДом имеют нарушения в клеточном редоксе (который происходит рано и является «массивным» согласно Монтанье²²⁵), ENCODE дает невирусологическое объяснение генерации не только оригинальной транскрипции РНК, но также и неудобного факта, что «бессимптомный пациент может содержать, по меньшей мере, 10⁶ генетически различных вариантов ВИЧ, а для больного СПИДом этот показатель превышает 10⁸».^{226, 227}

Но все утверждали, что это геном «уникального» ретровируса (см. ниже).

Познавательные статьи:



Техника прыжка в длину с разбега

Тактические действия в защите

История Олимпийских игр

История развития права интеллектуальной собственности